Stonehouse byl náměstkem ministra letectví a ministra pošt a komunikací v 60. letech. V roce 1969 na něj po svém útěku na Západ upozornil československý špion Josef Frolík, kontrarozvědka ale podezření nakonec odmítla. O deset let později zprávy o Stonehouseovi potvrdil další československý přeběhlík, který doplnil i podrobnosti, že politik pracoval pro StB od roku 1962.
Thatcherová se ale dohodla s vrcholnými představiteli vlády, že Stonehouse nebude trestně stíhat. Podle ministra spravedlnosti Michaela Haverse totiž nebylo pravděpodobné, že by britské tajné služby výslechem politika získaly nějaké cenné informace.
První britský politik, který prováděl špionáž pro cizí zemi
Britskou vládu by ale naopak výslech Stonehouse postavil do špatného světla, varoval Havers. Předchozí podezření ze špionáže se totiž nepodařilo potvrdit a nové stíhání by vytvořilo dojem, že konzervativní kabinet labouristického politika šikanuje. Stonehouse si navíc v té době odpykával ve vězení trest za podvod a byl krátce po operaci srdce.
Thatcherová se zároveň pojistila pro případ, že by se informace o Stonehousově špionáži pro Československo dostala na povrch. V takové situaci chtěla vláda podle Guardianu uvést, že údaje získané od československého přeběhlíka nejsou dostatečné na to, aby bylo možné Stonehouse postavit před soud.
John Stonehouse zemřel v roce 1988. Za jeho života se nikdy zvěsti o tom, že pracoval jako agent pro komunistický stát, nepotvrdily. Podle The Guardian byl Stonehouse jediným britským politikem, který pracoval jako agent cizího státu v době svého vládního angažmá.
