Kontroloři zjistili případy neúplného i nesprávného účtování. Vedle nedostatků v úplnosti účetnictví u hmotného majetku ministerstvo obrany také některé účetní případy vykazovalo na nesprávných položkách.
Na ekonomická rozhodnutí ale podle kontrolního úřadu tato pochybení nemohla mít vliv. "NKÚ proto při vyhodnocení spolehlivosti účetní závěrky dospěl k názoru, že účetní závěrka ministerstva obrany podává - s výjimkou vlivu těchto nesprávností - věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a finanční situace ministerstva obrany," uvedl úřad.
Ministerstvo obrany uvedlo, že si pro některé postupy v účetnictví vyžádalo závazné stanovisko ministerstva financí. Až pak případně sjedná nápravu. "Ministerstvo obrany trvá na tom, že účetní legislativa platná pro účetní období roku 2012 v řadě případů umožňovala dvojí výklad, a proto nemůže být dáno k tíži ministerstva obrany, že zvolilo jiný způsob řešení," sdělil mluvčí ministerstva Petr Medek.
V dalších případech ale ministerstvo podle svého mluvčího přijalo nápravná opatření už v rámci účetní závěrky za rok 2013. "Je potřeba zdůraznit, že zjištění NKÚ nemají vliv na výsledek hospodaření ministerstva obrany," doplnil.
Ministerstvo obrany podle Nejvyššího kontrolního úřadu také porušilo zákon o katastru nemovitostí. "Některé nemovitosti byly sice vykázány v účetní závěrce, ale nebyly zapsány v katastru nemovitostí, u jiných to bylo přesně naopak," popsala Málková.