Podle vyšetřovatelů v letech 2006 až 2011 zanášel do účetnictví fiktivní faktury za pronájem reklamního prostoru, i když za ně nedostal žádné protiplnění. Uměle si tak snižoval základ placené daně. Smlouvy uzavíral s firmou Pavlík a partner brněnského automobilového závodníka Michala Pavlíka, píše list. Reklamu pak měla zajišťovat firma Prototype Team Ltd. se sídlem na Britských Panenských ostrovech. To se ale podle policie nestalo.
Kratochvíl tvrdí, že o krácení daně neví a že byl podvedený Pavlíkem. Policie se o případ prý zajímala, ale tak to podle Kratochvíla i skončí. Tvrdí, že neudělal nic nezákonného.
Z policejního vyšetřování ovšem plyne, že Pavlíkově firmě jednatel Kratochvíl zaplatil za čtyři roky téměř deset milionů korun. Odtud plyne škoda na daních 1,6 milionu. Kratochvíl zdůraznil, že jakmile ho finanční úřad upozornil, dlužné daně hned zaplatil a uhradil i vyměřenou pokutu. Nyní vyšetřovatelé předali případ státnímu zástupci s konstatováním, že Kratochvíl se trestného činu dopustil.
Kratochvíl byl až do podzimu radním za hnutí ANO v Brně a měl na starosti správu městských firem. Hnutí jej však vyloučilo a Kratochvíl se stal řadovým zastupitelem. Spory s ostatními členy brněnského ANO vznikly kvůli tomu, že Kratochvíl pracoval údajně velmi pomalu na přeměně městských firem na holding.
