Nizeyimana byl během rwandské genocidy členem vlivné hutuské skupiny Akazu (malý domek), která si nepřála spolupráci s Tutsii a jež byla posléze jednou z hlavních řídících skupin genocidy. Nizeyimana byl údajně jedním z hlavních protagonistů masakrů na jihu Rwandy, kde dostal přezdívku "řezník z Butare".
Mězi Nizeyimanovy oběti z roku 1994 prý patřila i tutsijská královna Gicanda, vdova po králi Mutarovi III. Ten zemřel v roce 1959, krátce předtím než se Rwanda stala republikou. V době, kdy ji hutuští vojáci zastřelili, bylo královně asi 80 let.
Nizeyimana patřil podle ICTR mezi desítku nejhledanějších osob. USA vypsaly odměnu za jeho dopadení pět milionů dolarů (asi 88 milionů korun). Během sto dnů trvajícího násilí zemřelo ve Rwandě asi 800.000 členů kmene Tutsi a umírněných členů kmene Hutu.
