S komunistickým režimem se nesmířil

S manželkou Norou (roz. Kořínkovou) vychovávali dceru. Od roku 1946 byl politicky aktivní v čs. národně socialistické straně; mimo jiné byl v letech 1947–1948 předsedou její mládežnické organizace v Brně a pracoval v oddělení pro vědeckou politiku strany při zemském sekretariátu tamtéž. Režim nastolený po únoru 1948 Zdeněk Kessler odmítal. Spolu se svými kolegy z neformálního poválečného politického klubu, tzv. knihovníky, později nazývanými „popi“ (Jaromírem Bohanesem, Dušanem Novákem, Lubomírem Kostrhunem a jinými), zasílal do Nizozemska zprávy o politické i hospodářské situaci v Československu a o náladách obyvatelstva.

K dalším aktivitám klubu patřilo vydávání ilegálního časopisu Plamen. Celou skupinu od počátku monitorovala Státní bezpečnost (akce POP). Všichni „popi“ byli zatčeni v průběhu října roku 1953. Krajský soud v Brně odsoudil Zdeňka Kesslera v březnu roku 1954 pro trestné činy velezrady a vyzvědačství k sedmnácti letům odnětí svobody, propadnutí celého jmění a ke ztrátě čestných občanských práv na deset let. Spolu s ním byli odsouzeni Miroslav a Vladimír Káňovi, Lubomír Chalupa, Zdeněk Dvořáček, Jindřich Leitgeb a Eva Mádrová – všichni dostali tresty v rozmezí od čtyř do dvanácti let. V průběhu výkonu trestu prošel Zdeněk Kessler několika uranovými lágry. S komunistickým režimem se nesmířil a byl kázeňsky trestán i v průběhu svého věznění. Propuštěn byl na amnestii prezidenta republiky 11. května roku 1960. V roce 1993 se stal prvním předsedou Ústavního soudu České republiky.