Kočárník byl v letech 1992 až 1997 ministrem financí za ODS v Klausově vládě. Na podzim roku 1996 začala ČSSD v čele s Milošem Zemanem usilovat o odvolání Kočárníka z ministerské funkce. Zeman obviňoval Kočárníka z liknavosti při řešení vytunelování investičních fondů a daňových úniků. Kočárník nakonec v květnu roku 1997 dal svou funkci k dispozici. Podle něj se tak rozhodl proto, aby ulehčil fungování vlády. Odmítl nařčení, že utíká před zodpovědností.
Kočárník stál od jara roku 2007 v čele dozorčí rady ČSA. Na post ale letos v září rezignoval. Zdůvodnil to tím, že funkci nemůže vykonávat odpovědně, protože firemní odbory, státní úředníci a někteří členové vlády se snaží brzdit restrukturalizaci firmy.
