Když v roce 1998 oznámil, že trpí nevyléčitelnou rakovinou jater, dostala jeho hudební
kariéra paradoxně druhý dech. Pokračoval v koncertech s jádrem skupiny Blockheads, kterou založil koncem 70. let. Zemřel v březnu 2000 v 57 letech.
Dury složil také hudbu a nazpíval písně do filmů Romana Polanského a Petera Greenwaye. Byl velvyslancem UNICEF a své popularity využíval také k propagování některých humanitárních akcí, například na pomoc sirotkům válek ve světě nebo očkování v rozvojových zemích. "Je to lepší, než když vás přejede autobus. Aspoň máte čas se připravit," řekl o své smrtelné nemoci.