Rok a okolnosti úmrtí Brunnera, který je zodpovědný za smrt asi 130.000 evropských Židů za druhé světové války, byly dosud nejasné. Uváděla se léta 1992 i 2010.
„To, co píše XXI, je velmi pravděpodobné. Vidíme, že se ptali někoho, kdo se s (Brunnerem) blízce stýkal,“ řekl historik a „lovec nacistů“ Serge Klarsfeld, jenž původně odhadoval, že Brunner zemřel už v roce 1992.
Brunner byl ve své kobce podle XXI v podstatě v domácím vězení, a to od roku 2000, kdy se moci dostal současný prezident Bašár Asad. „Asad se ho zbavil,“ řekl jeden z reportérů XXI Hedi Aouidj ve francouzském rádiu.
Podle svědků, z nichž jeden se jmenuje Abú Jaman a nyní je uprchlíkem v Jordánsku, zemřela pravá ruka Adolfa Eichmanna v prosinci 2001. Přesné okolnosti úmrtí ale nejsou známy. Jeho tělo bylo omyto podle muslimských zvyklostí a ve vší tichosti pohřbeno na jednom damašském hřbitově.
Bývalý velitel internačního tábora Drancy u Paříže zůstával přesvědčeným nacistou. Ke konci byl prý „velmi unavený, velmi nemocný“. „Trpěl a hodně křičel, všichni ho slyšeli,“ uvedl jeden z jeho strážců. Dostával jen bídnou stravu a nebyl schopen se ani sám umýt.
Brunner se do Sýrie dostal na falešný pas v 50. letech. Tam krátce pracoval pro zastoupení západoněmeckého pivovaru, později byl přijat do syrské zpravodajské služby, kde se údajně stal „zvláštním poradcem“. Prý se spřátelil i s prezidentem Háfizem Asadem, údajně trénoval kurdské povstalce proti Turecku a prodával zbraně povstalcům v Alžírsku v jejich boji za nezávislost proti Francii. Dvakrát jej zranily dopisové bomby zaslané izraelskou rozvědkou: v roce 1961 přišel o levé oko a v červenci 1980 mu výbuch utrhl čtyři prsty na levé ruce, když otevřel balíček od Svazu přátel léčivých bylin.
V říjnu 1985 poskytl v Sýrii rozhovor německému časopisu Bunte, ve kterém nevyjádřil sebemenší lítost nad svými činy. Od roku 1993 se o Brunnerovi objevovalo jen málo zpráv. Centrum Simona Wiesenthala mělo za to, že zemřel v roce 2010.
