První vlajky vyvěsili pracovníci ústavu či kasteláni ve středu na objektech, které mají celoroční provoz. Jako první visí na Karlštejně, na zámku Hluboká, hradě Bečov nad Teplou a zámku Lednice. Na zámku Hluboká se v březnu bude konat zasedání ministrů zahraničí EU.
Na Pražském hradě, který je nejrozsáhlejším památkovým objektem v ČR i ve správě státu, vlajka EU není, prezident Václav Klaus její vyvěšení odmítá.
Klaus patří také k nejhlasitějších kritikům lisabonské smlouvy a směřování Evropské unie. Vlajka EU podle Klause na Pražský hrad nepatří, protože Hrad je symbolem české státnosti, českého státu, ne Evropské unie.
Vlajka EU se v areálu Hradu přesto ve středu dvakrát krátce objevila. Aktivisté z hnutí Greenpeace v noci na středu vlajku na Pražský hrad promítali, vpodvečer ji pak na chvíli vyvěsili na stožár. Policie však za pomoci hasičů muže, který ji vyvěsil, přiměla slézt a vlajku mu vzala.
Některá zahraniční média v souvislosti s postojem české hlavy státu k EU uvedla, že svými vyjádřeními a postoji poškodil české předsednictví, a to ještě před jeho začátkem. Česko se ujalo půlročního předsednictví EU 1. ledna.