Soud rozsudek zdůvodnil nevěrohodností výpovědi agenta StB. Zdeněk Vaníček, který měl být řídícím důstojníkem Kanyzy, vypovídal před soudem nevěrohodně.
Městský soud v květnu 2006 rozhodl, že byl Kanyza evidován neoprávněně, ministerstvo vnitra, jež oficiální seznamy spolupracovníků StB spravuje, se ale odvolalo k vrchnímu soudu, který mu dal za pravdu. V červnu letošního roku však Nejvyšší soud vyhověl dovolání Jana Kanyzy a rozhodnutí Vrchního soudu v Praze zrušil s tím, že pražský soud chyboval při hodnocení důkazů a musí případ prozkoumat znovu.
Kanyza spolupráci s StB vždy popíral. Už dříve prohlásil, že s StB nespolupracoval, ale že byl pouze dlouhodobě předvoláván a opakovaně vyslýchán.
