- EU získá právní subjektivitu, neboť dosud je unijní právo legislativou Evropského společenství.
- Podle smlouvy se má snížit počet eurokomisařů na dvě třetiny počtu členských států (po roce 2014). Po protestech zejména Irska, jehož voliči smlouvu odmítli v referendu, se ale EU loni v prosinci dohodla, že vstoupí-li v platnost lisabonská smlouva, zajistí se (například dodatkem k přístupové smlouvě Chorvatska k EU), že si každá země svého komisaře ponechá. Pokud ale lisabonská smlouva v platnost nevstoupí, počet eurokomisařů se bude muset snížit, neboť to stanoví současná základní smlouva unie - smlouva niceská, která ale neříká, o kolik to má být.
- Unie bude mít předsedu Evropské rady voleného na dva a půl roku místo současného půlročního rotujícího předsednictví; zástupci členských států budou dál předsedat radám ministrů, nikoli však summitům.
- EU bude mít jakéhosi ministra zahraničí, ač formálně se tak jmenovat nebude. Nová funkce, spojená s místopředsednictvím Evropské komise (EK), spojí dosavadní úřad vysokého představitele pro zahraniční a bezpečnostní politiku (dnes Javier Solana) a komisaře pro zahraniční vztahy (Benita Ferrerová-Waldnerová).
- Počet poslanců Evropského parlamentu (EP) se má snížit na nejvýše 751; z jedné země může být v EP maximálně 96 a minimálně šest poslanců.
- Při hlasování v radě ministrů bude rozhodnutí přijato kvalifikovanou většinou, když s ním bude souhlasit 55 procent členských států, které budou představovat 65 procent obyvatel EU. Tento systém se bude ale uplatňovat až od roku 2014, přičemž do roku 2017 bude moci kterákoli země požádat o hlasování systémem, který stanoví niceská smlouva.
- K efektivnosti rozhodování EU má přispět rozšíření počtu oblastí, v nichž ke schválení stačí kvalifikovaná většina; jednomyslnost zůstane v zahraniční politice, daních, sociální politice či u změn smluv EU.
- Smlouva zakotvuje princip oboustranné flexibility - možnost přenášení pravomocí do Bruselu i zpět na členské země.
- Ve smlouvě je zmíněna i možnost vystoupit z EU.
- Rozšíří se pravomoci Evropského soudního dvora a EP v rámci spolurozhodování o přijímání nové unijní legislativy.
- Zvýší se práva národních parlamentů, které se budou moci dožadovat u Evropské komise, aby přehodnotila své návrhy, pokud bude pochybnost, že překračuje své kompetence.
- V protokolu smlouvy bude odkaz na "ioanninský mechanismus", který bude popsán v právně nezávazné deklaraci. Jde o podmínky, za jakých je možno dočasně zablokovat rozhodnutí rady ministrů.
- Smlouva nemá "ústavní" charakter, nejsou v ní pasáže o společných symbolech EU (mimo jiné o vlajce či hymně).
- Jako dodatek a v menším rozsahu zahrnuje Chartu základních práv, přijatou v prosinci 2000 v Nice. Nicméně hlavní text lisabonské smlouvy se zmiňuje o vyhlášení charty, což jí dává právní závaznost. Británie a Polsko mají stran charty výjimku.