Portál Mojedatováschránka.cz, který přístup ke službě zajišťuje, nabízí uživatelům řadu způsobů přihlášení. Ti, na které se nově vztahuje povinnost mít datovou schránku a již obdrželi své přihlašovací údaje (náhodně vygenerované jméno a heslo), se musejí nejprve do schránky přihlásit právě jimi. Pak je ale možné aktivovat i další možnosti přihlášení, včetně takzvaných digitálních identit, které lze se schránkou spárovat.
Výhodou je, že uživatel může využívat jednotlivé způsoby přihlášení podle libosti. Portál datových schránek v současnosti umožňuje přihlášení pomocí takzvaných Identit občana. Jsou to Mobilní klíč eGovernmentu, eObčanka, NIA ID, International ID Gateway (pro přihlášení cizinců do české schránky), karta Starcos, Moje ID a Bankovní identita.
