Ve druhé fázi místo stání pro autobusy vyroste nová budova. Nejpravděpodobněji půjde o novou budovu magistrátu, která nahradí prostory v Jungmannově ulici na Praze 1, kde městu v roce 2028 končí nájem.
Nový terminál má nabídnout snadné přestupy. Pohodlně se mají cestující dostavat mezi autobusy, vlaky, metrem i tramvajemi. Z ulice před nádražím má být také odkloněná automobilová doprava, aby se místo zklidnilo.
Smíchovské nádraží nejdříve doplní stavba obřího patrového parkoviště P+R s tisícovkou míst. Na jeho střeše vznikne autobusové nádraží Dobříšská, to uleví prostoru na Knížecí.