Údajné sexuální obtěžování V září 2006 zveřejnil Čunek, ještě jako starosta Vsetína, dopis své bývalé sekretářky Marcely Urbanové. V něm ho obvinila ze sexuálního obtěžování. Čunek to označil za mstu kvůli propuštění a podal na ni trestní oznámení pro pomluvu a vydírání.
* Žalobci případ údajného sexuálního obtěžování odložili. Stejně jako trestní oznámení Čunka, který Urbanovou nařkl z pomluvy.
Potíže s Romy V říjnu 2006 nechal jako starosta Vsetína přestěhovat kvůli neplacení nájemného 36 romských rodin. Radnice je přestěhovala do domů na okraji města, ale i do jiných okresů.
O další faux pas se postaral svým výrokem loni v deníku Blesk. Čunek odpovídal na otázku, zda dostanou podporu od státu i jiní občané než Romové. „To se budete muset jet někam opálit, začít s rodinou dělat binec, na náměstí dělat ohně a potom se vás někteří politici teprve zastanou a řeknou – on je chudák,“ uvedl. * Domy, do kterých byli Romové přestěhováni, velmi chátrají. Proto se posléze rozhodli přestat domy splácet, za což jim hrozí exekuce. Romové tak nakonec zřejmě skončí na ulici.
Za svá slova o Romech si vysloužil ostrou reakci prezidenta i premiéra a nakonec se omluvil.
Nejnověji Čunek „schytal“ kritiku od USA. Ve výroční zprávě o stavu lidských práv ve světě mu vyčetli právě vystěhování Romů.
Stíhání kvůli úplatku V únoru 2007 na požádání ostravské policie Senát zbavil Čunka imunity. Čunek byl obviněn z přijetí půlmilionového úplatku od společnosti H&B REAL, jejímž prostřednictvím Vsetín prodával nájemníkům podnikové byty zkrachovalé Zbrojovky.
Čunek se pokoušel vysvětlit původ peněz, které si uložil na účet vzápětí poté, co si firma H&B REAL podobnou částku v hotovosti vybrala z banky. Nejdříve vysvětloval, že půl milionu korun byly jeho celoživotní úspory. Pak připustil, že měl jiné úspory. Tvrdil také, že částku měl ukrytou. Na policii řekl, že si nevzpomíná. Nakonec uvedl, že šlo o náhradu pojištěných úspor u zkrachovalé Universal banky.
* „Úplatkářská kauza“ skončila v listopadu 2007. Nejvyšší státní zastupitelství uznalo za správné rozhodnutí státního zástupce Arifa Salichova o zastavení trestního stíhání Jiřího Čunka. Kauzu provází řada nejasností. Policie například obvinila několik svědků z křivé výpovědi ve prospěch Čunka.
Čerpání sociálních dávek Čunek bral na konci devadesátých let od státu sociální dávky. V té samé době si přitom ukládal do bank miliony korun.
Podle České televize pobíral Čunek sociální dávky v době, kdy ukládal na účet 3,5 milionu korun. Při ukládání údajně používal občanský průkaz, jehož ztrátu ohlásil několik měsíců předtím. Vysvětlil to tím, že občanku nepotřeboval, protože je veřejně známá osoba. V souvislosti s touto aférou, která ho nakonec stála místo ve vládě, podal Čunek trestní oznámení. Nedokázal ale vysvětlit na koho a z jakého důvodu.
* Čunek bude dále vyšetřován kvůli nejasnostem kolem jeho financí. Šéf české diplomacie Karel Schwarzenberg navrhl, aby Čunka prověřil auditor.
