V době okupace pomáhal rodinám zadržených osob v Jindřichově Hradci a Plané nad Lužnicí a zprostředkovával kontakt s rodinami vězňům v internačním táboře ve Svatobořicích.
V Jindřichově Hradci působil i po válce – již jako příslušník Sboru národní bezpečnosti – až do 7. března 195 1, kdy byl zatčen. Byl obviněn z toho, že po únoru 1948 vstoupil v jindřichohradeckém okrese do ilegální protistátní organizace, jež si kladla za cíl „rozvracení lidově demokratického zřízení“. Dále pak z toho, že z titulu své funkce měl informovat ilegální organizace o tom, „co se chystá, proti kterým osobám, a v případě potřeby včas takové osoby varovat“. Dále byl obviněn, že kryl protistátní činnost manželů Pláteníkových a pořádal sbírku pro vyloučené příslušníky Sboru národní bezpečnosti.
Jaroslav Franc vinu nikdy nepřiznal. Usilovně se hájil již během procesu v roce 1951 a ihned po vynesení rozsudku se odvolal k Nejvyššímu soudu. Ten však 12. 3. 1952 rozsudek vynesený Státním soudem potvrdil. Za trestné činy velezrady a vyzvědačství byl Jaroslav Franc odsouzen k osmnácti letům odnětí svobody, konfiskaci majetku, k pokutě deseti tisíc korun a ztrátě čestných občanských práv na deset let.
Na otázky v přijímacím dotazníku věznice v Leopoldově, jež se týkaly toho, zda cítí vinu za své jednání a jak ho chce napravit, respektive jak chce uhradit škodu vzniklou jeho vinou, lakonicky odpověděl: „Trestního jednání jsem si vědom nebyl, a proto jej nemohu litovati. (…) Není mi známo, že bych nějakou škodu způsobil.“ Na svobodu byl Jaroslav Franc propuštěn 10. května 1960.
