„Makemakeho“ objevil tým Michaela Browna z kalifornského Caltech krátce po Velikonocích roku 2005. Objevitelský tým mu dlouho neoficiálně říkal Velikonoční zajíc, dostal katalogové číslo 2005 FY9. Své vlastní jméno si objekt vysloužil proto, že patří mezi velké plutoidy.
To jsou objekty ležící za dráhou poslední planety Neptunu (po sesazení Pluta), dostatečně velké, aby vlastní gravitací dosáhly kulovitého tvaru, nejsou satelitem, ale přitom nejsou ve své oblasti dominantní. Zatím dostaly jméno jen dva objekty této kategorie: Pluto a Eris. De facto jsou plutoidy podmnožinou trpasličích planet, které musí splnit stejná kritéria, jen neleží za drahou Neptunu.
Hlasování o novém jménu v IAU proběhlo zcela hladce. Najít vhodné pojmenování však bylo obtížné. „Bylo to těžké. Někdy se stává, že vás hned při pohledu na objekt napadne jméno, které by se k němu hodilo,“ řekl časopisu New Scientist Michael Brown. Ale Makemake patrně ničím nevyniká, a tak zvítězila volná asociace mytologie Velikonočního ostrova s datem objevu.
Ale i kdyby měl při příští podobné příležitosti Brown nápadů více, kdo ví, jestli uspěje. Přihlásil se k pojmenování dalšího plutoidu, známého zatím jako 2003 EL61, ovšem není sám. Ootcovství se rozhodne mezi Michaelem Brownem a Josem-Luisem Ortizem z Granady. Ten objev 2003 EL61 ohlásil 28. června 2005. Ale dva dny předtím někdo z Ortizova ústavu patrně navštívil server, na kterém má Michael Brown uložené záznamy o svých pozorováních téhož objektu. Měl to být snad sám Ortiz. Tomu jeden z jeho doktorandů 25. června předvedl fotografie 2003 EL61 a Ortiz si na internetu ověřoval, jak jsou na tom s pozorováním objektu ostatní astronomové.
Brown se ale s vysvětlením nespokojil a podal v srpnu 2005 oficiální stížnost IAU. Oba týmy také organizaci předložily vlastní návrh jména objektu. „Kdo ví, které komise přijme,“ řekl Brian Marsden, tajemník IAU, časopisu New Scientist. „Možná proto jsme teď vyřešili Makemake. To byla hračka.“
