Centrála vznikla v srpnu 2016 spojením dvou policejních složek, Útvaru pro odhalování organizovaného zločinu (ÚOOZ; takzvaný protimafiánský útvar) a Útvaru odhalování korupce a finanční kriminality (ÚOKFK; takzvaný protikorupční útvar). Spadá pod policejní prezidium a náměstka policejního prezidenta pro kriminální službu a vyšetřování. Šéfem NCOZ je od srpna 2018 Jiří Mazánek, předtím útvar od jeho vzniku vedl jeho jmenovec Michal Mazánek.
Podle Zemana bylo zejména na začátku po reorganizaci znatelné, že vznikne veliký útvar, který bude těžké řídit. „V současné době má NCOZ vedení, které se velice snaží, aby to efektivní bylo. Musím říci, že snaha je opravdu veliká, ale přesto se domnívám, že kdyby bývaly zůstaly dvě jednotky oddělené, tak by to bylo lepší,“ řekl nejvyšší žalobce.
  |
Uvedl také, že právě on adresoval dopis tehdejšímu premiérovi Bohuslavu Sobotkovi (ČSSD), v němž upozorňoval na nebezpečí policejní reorganizace. Zároveň podle svých slov odstartoval debatu o tom, zda je sloučení útvarů vhodné, nebo ne.
Vznik NCOZ vyvolal na přelomu jara a léta 2016 vážnou roztržku uvnitř tehdejší vládní koalice ČSSD s hnutím ANO. Policejní prezident oznámil záměr sloučit oba útvary 8. června, ministr vnitra Milan Chovanec (ČSSD) pak s nápadem souhlasil pod podmínkou, že se reorganizace nedotkne živých kauz. Tehdejší vicepremiér a ministr financí a nynější předseda vlády Andrej Babiš (ANO) ovšem obvinil Chovance z destabilizace policie, ministr vnitra zase Babiše z dezinformační kampaně.
Vznik centrály vyvolal i několik odchodů policistů. Mezi nejhlasitější kritiky patřil tehdejší šéf ÚOOZ Robert Šlachta. Reorganizací se zabývala i sněmovní vyšetřovací komise, podle jejíchž závěrů z ledna 2017 se neprokázalo, že cílem reorganizace bylo odstranit Šlachtu, omezit činnost útvarů nebo zabránit vyšetřování některých kauz.
