Jeho největší zásluhou je, že potřel levicové teroristy ze Světlé stezky, kteří v 70. letech v zemi rozpoutali teror formou únosů, bombových útoků a atentátů. Fujimori proti nim zahájil nesmlouvavé tažení, které vyvrcholilo zatčením jejich vůdce Abimaela Guzmána. Filozof a univerzitní profesor měl v úmyslu v Peru realizovat puč po vzoru Číňana Mao Ce-tunga. Pomoct mu v tom měli ti nejchudší z nejchudších, stejně jako Mao Ce-tungovi. Vlna teroru, kterou v zemi rozpoutal, si vyžádala na 70 tisíc životů.
Fujimoriho proslavil i jeho balíček ekonomických reforem, kterému se v Peru přezdívalo „Fujishock“. Trefné označení zahrnovalo mimo jiné drastické zeštíhlení vlády a úřadů, ale i okamžité zvýšení minimální mzdy.
Po svém znovuzvolení prezidentem v roce 1995 si zvláštním dodatkem k ústavě zajistil, že mohl kandidovat i potřetí, což v roce 1999 i udělal. Volby, ve kterých stanul proti Alejandru Toledovi, sice těsně vyhrál, ale opozice je označila za zmanipulované. Fujimorimu zlomil vaz až korupční skandál, v jehož centru stála jeho pravá ruka, šéf peruánské rozvědky Vladimiro Montesinos. Soudnímu stíhání se Fujimori chtěl vyhnout útěkem ze země v roce 2000. Pět let žil v Japonsku, v roce 2005 pak přicestoval do Chile, odkud znovu kandidoval na prezidenta Peru. Po policejním zadržení ho Chile vydalo zpět do Peru.
Soud v Limě ho po patnácti měsících shledal vinným ve všech bodech obžaloby z porušování lidských práv, z únosů a z podílu na zabití 25 lidí (dotyčný masakr měly na svědomí takzvané smrtící eskadry, ale Fujimori o něm údajně věděl).
Dvaasedmdesátiletý Fujimori vždy prohlašoval, že je nevinný. Dodnes obhajuje svou politiku jako nutnou, protože zemí zmítala válka.
