Šéf NKÚ je stíhán, protože podle státního zastupitelství užíval byt nadměrné velikosti s nadstandardním zařízením v Praze 3 a předtím také v Praze 2. Údajně tím porušil zákon o platech a dalších náležitostech spojených s výkonem funkce představitelů státní moci a také zákon o rozpočtových pravidlech. Škodu policisté vyčíslili na více než 900 000 korun. Kdyby soud Dohnala odsoudil, pak by jeho působení v čele úřadu skončilo. Dohnalův advokát Václav Vlk označil již dříve kauzu za politickou. Sám prezident NKÚ pak na webových stránkách úřadu dříve uvedl, že má podle zákona právo na přiměřený byt.
Policie podezírá šéfa NKÚ také z trestného činu zneužití pravomoci veřejného činitele. Prověřuje ho kvůli tomu, že podle ní odmítl vydat kontrolnímu orgánu sněmovny podklady pro audit hospodaření úřadu. Dohnal kontrolu neumožnil, odvolal se přitom na to, že její podmínky neupravuje žádný zákon. Podle policie šéf NKÚ asi předpokládal, že by kontrola odhalila takové nedostatky v hospodaření úřadu, které by vedly k jeho postihu. Za zmaření prověrky dostal Dohnal pokutu 50 000 korun. Koncem dubna ji zaplatil.
