Už některé předběžné náznaky ukazovaly na to, že v čele biskupské konference by mohl stanout právě Duka. Například katolický historik Jaroslav Šebek před volbou uvedl, že by bylo logické, aby si ČBK zvolila svým předsedou Duku jako biskupa nejvýznamnější diecéze.
Předseda konference není v nadřazené pozici vůči ostatním biskupům. Každý biskup je suverénem ve své diecézi. Biskupská konference koordinuje jejich činnost a udává jim směr. Předseda může být považován za mluvčího katolické církve například pro jednání s vládou. Obě funkce najednou zastával v 90. letech kardinál Miloslav Vlk. Do čela biskupů byl zvolen v roce 1991, kdy se stal i pražským arcibiskupem a primasem české katolické církve. Ve funkci předsedy konference zůstal Vlk po obě funkční období do roku 2000. Pražským arcibiskupem byl do letošního února, kdy papež Benedikt XVI. přijal jeho rezignaci a na jeho místo jmenoval tehdejšího královéhradeckého biskupa Duku.
Kardinála Vlka vystřídal ve funkci předsedy ČBK v roce 2000 olomoucký arcibiskup Graubner, který byl znovuzvolen v roce 2005.
