V kostele se našly jen rakve z 18. století s těly uloženými v anatomické poloze, která nenasvědčují tomu, že by je někdo ke sv. Haštalu přenášel. „Problém druhotného uložení ostatků sv. Anežky České zůstává nadále otevřený,“ uvedli vedoucí výzkumu v tiskové zprávě.
Archeologové v úterý v kostele odkryli dvě vytipovaná místa. Prvním byl prostor před oltářem, vyzdvihla se kamenná deska a pod ní se ve vrstvě rozrušené malty s úlomky opuky našly zlomky keramiky, skla a omítek patrně z 18. století. Pod touto vrstvou byly části zděných konstrukcí v různých výškových úrovních a různé doby vzniku.
Podle archeologů je vyloučené, že by pod opukovou deskou existoval prostor pro sekundární uložení lidských ostatků.
Hrobka je z 18. století Na druhém místě při severní stěně presbytáře se v úterý pod dlažbou našla cihlová klenba hrobky, k níž přiléhala druhá klenba. Použité cihly i nálezy ve vrstvě, která obě klenby hrobky překrývala, napovídají novověkému původu hrobky. Odborníci se rozhodli zjistit obsah hrobky pomocí průzkumu mikrokamerou. Ta jim ukázala rozměrnou hrobku s hloubkou přes 3,5 metru. Na dně je několik rakví s barokní výzdobou, v jednom případě s letopočtem 1759. Většina rakví je rozbitá a jsou v nich zbytky lidských ostatků. Hrobka je podle archeologů standardním kostelním prostorem určeným k pohřbívání. Vznikla asi v době barokních úprav v kostele. Dnes uvedou restaurátoři prostor do původního stavu. Průzkum nebyl podle archeologa Zdeňka Dragouna zbytečný. K přítomnosti Anežčiných ostatků sice byli odborníci skeptičtí, doufali ale, že by mohli narazit na zbytky románského kostela.
Anežka Přemyslovna zemřela 2. března 1282 a byla pohřbena v klášteře do hrobky Přemyslovců v kapli Panny Marie. Patrně z obav před záplavami byly její ostatky vyzvednuty asi roku 1322 a někam přeneseny. Traduje se, že řádové sestry prchající před husity ostatky odnesly a uložily na neznámé místo.
