Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) zjistil v údajích účetní závěrky ministerstva zemědělství za rok 2011 chyby za 1,2 miliardy korun. Vznikly především kvůli špatnému účtování poskytnutých dotací, které měly stanovené vyúčtování až v následujícím roce, sdělila mluvčí NKÚ Olga Málková. Ke spolehlivosti účetní závěrky se úřad nevyjádřil, zdůvodnil to nejasnostmi v účetních předpisech. Ministerstvo uznalo nedostatky v oblasti účetnictví a přijalo opatření k jejich nápravě. S některými zjištěními však nesouhlasí a podalo proti nim námitky.