Vojenské procesy znovu začnou po dvou letech, přerušeny byly z rozhodnutí americké administrativy v lednu 2009. Podezřelé z terorismu, kteří jsou na vojenské základně stále zadržováni, chtěl americký prezident Barack Obama postavit před civilní soudy, které mohou důkazní materiál posuzovat kritičtěji než soudy vojenské. Toto rozhodnutí kritizovali někteří republikánští zákonodárci, kteří se obávali, že tak teroristé ujdou trestům.
Zatím jediný proces s vězněm z Guantánama před americkým civilním soudem skončil doživotním trestem vězení pro Tanzance Ahmeda Khalfana Ghailaniho, který byl shledán vinným v souvislosti s teroristickými útoky na americké ambasády v Keni a v Tanzanii. Šestatřicetiletý Tanzanec byl původně obviněn ve 285 bodech, porota jej ale v listopadu zprostila všech obvinění kromě jediného – spiknutí za účelem poškození či zničení amerického majetku. Zproštění z většiny obvinění ukázalo podle kritiků na potenciální problémy při procesech před civilními soudy.
