Bočan v roce 1962 absolvoval Fakultu architektury ČVUT, kde nakonec působil jako univerzitní profesor. Pracoval v projektovém ateliéru Konstruktiva, později v ateliéru Beta PÚ VHMP, vedeném Janem Šrámkem. Společně s architekty Zdeňkem Rothbauerem, Oldřichem Novotným, Zbyňkem Hřivnáčem a dalšími zde vytvořili produktivní tým.
Úspěchy v architektonických soutěžích umožnily ateliéru kontakty se zahraničím a otevřely cestu k prestižním zakázkám v zahraničí, jako byla například novostavba československého velvyslanectví v Londýně, velvyslanectví ve Stockholmu a československé velvyslanectví v Brasilii či pražský hotel InterContinental.
Jan Bočan navrhoval také architektonické změny v interiérech v Černínském paláci v Praze. V roce 1990 se Bočan vrátil jako vedoucí ateliéru na svou alma mater. Od roku 1999 na ČVUT působil jako vedoucí Ústavu navrhování. V roce 2005 byl jmenován profesorem. Po realizaci zastupitelského úřadu ČR v Tbilisi v roce 2005 byl Jan Bočan jmenován čestným profesorem tamní univerzity a v letech 2009 až 2010 rozvíjel s touto univerzitou vzdělávací projekty.
Spolupracoval také s univerzitami ve Francii, Německu, USA či Kolumbii. V roce 2009 mu Obec architektů udělila Grand Prix architektů za celoživotní dílo.
„Architektura je prostor, který je vymezován hmotou. Prioritou je komponovat prostor. Hmota domu je prostředek – materiál k vymezování prostoru. Myslím, že toto je podstata architektonické tvorby,“ jsou slova profesora Bočana.
