Vodboru státního rozpočtu působí Janota od roku 1978. Od roku 1992 tento odbor vede. Jako nepolitický úředník pracoval pro ministry různých stran. Spory měl jen s Vlastimilem Tlustým. Ten ho krátce po svém nástupu do funkce ministra financí v září 2006 odvolal z postu náměstka. Po Tlustého odchodu ho nový ministr Miroslav Kalousek jmenoval zpět.
Odchod Janoty ze státní správy by nebyl podle bývalého ministra financí Jiřího Rusnoka jednoduchý. „Jeho zkušenosti se nedají nahradit rychle a bezbolestně,“ řekl.
