Komárek během sporů ohledně reorganizace elitních policejních útvarů kritizoval policejního prezidenta Tomáše Tuhého. O přestupu informoval server Novinky.cz s odkazem na deník Právo. Komárek Tuhému přisoudil „brutální“ únik informací.
Na novém působišti by se měl starat o Daňovou Kobru - tým policistů, celníků a finanční správy soustředící se na daňové útoky. Komárek tak stejně jako Šlachta bude částečně spadat pod vliv hlavy státní kasy a zároveň i otevřeného kritika policejní reformy z minulého roku Andreje Babiše. Komárek situaci Právu odmítl komentovat.
Na činnosti Daňové Kobry se podílejí i policisté nově vytvořené Národní centrály proti organizovanému zločinu, kterou vede Michal Mazánek se svým náměstkem pro výkon Petrem Vopršalem. Vopršal přitom původně podepsal otevřený dopis, který bránil Šlachtu proti vedení policie.