Počátky kapely se datují do roku 1990, kdy Ben Watkins, dnešní leader, a Stephen Holweck založili experimentální ambientní projekt Juno Reactor. U ambientu dlouho nezůstali a jejich debut Transmissions (1993) je považován předvoj žánru goa trance. S dalším Beyond the Infinite se přiklonili spíš k tzv. psy trance a Bible of Dreams již obsahovalo množství world music a tribal prvků. Na tomto albu se také poprvé objevila spolupráce s tradiční africkou perkusní skupinou Amampondo.
Další album Shango bylo vydané v roce 2000 a spolupracoval na něm kytarista Steve Stevens, je už ještě o fous víc world než trance, ale přece jen je stále poznat, že to je Juno Reactor. Zvuk Labyrinth mnohem více orchestrální a industriální než kdy dříve. A vloni vyšlo Gods and Monsters, které je snad největším posunem vpřed, jeho obsah je velice rozmanitý. Uslyšíme zde prvky jazzu, rocku, dubstepu, ale i původní world music a orchestrální hudby. Zato trance poněkud mizí... Progresivní elektronika? Tady ji máme.
Juno Reactor jsou podepsáni po řadou filmových soundtracků, mj. Matrix: Reloaded, Matrix: Revolutions, Animatrix, Mortal Kombat, Brave story, Drive, Eraser, Virtuosity, Texhnolyze, Once upon a time in Mexico a další. Pro rádia byl nedávno uvolněn první remix s názvem Fear Not z jejich současné spolupráce s Laibach, se kterými vyrazili společný projek propagovat také živě.
