Auberjonois se narodil v roce 1940 do slavné rodiny. Jeho matka Louise Laure Napoleone Eugénie Caroline Murat byla francouzská šlechtična a přímý potomek Napoleona Bonaparte. Hercův otec Fernand byl zase velmi významným novinářem a spisovatelem. Rodina se z Francie do Ameriky přestěhovala po druhé světové válce. Zde mladý René propadl divadlu a rohodl se, že bude hercem.
Objevil se ve filmech Lilith (1964), Pete a Tille (1972), Poslední jednorožec (1982), Malá mořská víla (1989) nebo Hráč (1992). Ve Star Treku si zahrál v řadě Hluboký vesmír devět (1993-1999). Několik epizod i režíroval. Mezi další jeho seriálové zářezy patří Kauzy z Bostonu nebo Frasier.
Možná právě díky svému vzhledu a vystupování erudovaného člověka byl předurčen hrát vzdělané muže, často profesory nebo doktory. Takto se například objevil ve filmech Batman (1992) a Batman navždy (1995). V prvním jmenovaném ztvárnil Dr. Marche, v druhém pak Dr. Burtona.
Auberjonois je znám i fanouškům videoher. Ve hře God of War (2005) namluvil Talose, mytologického strážce Kréty. V oblíbeném Falloutu: New Vegas (2010) ztvárnil záhadného Mr. House. V dobrodružné sérii Uncharted ve druhém díle s podtitulem Among Thieves (2009) namluvil bývalého nacistického okultistu Karla Schafera.