Thaçi a trojice jeho blízkých přátel z Osvobozenecké armády Kosova (UÇK) čelí obvinění, že společně naplánovali ovládnutí Kosova za pomoci zastrašování, věznění, mučení a poprav osob považovaných za kolaboranty či politické odpůrce.
Hashim Thaçi od začátku patřil mezi skupinu několika desítek spiklenců domnívajících se, že dosáhnout osamostatnění Kosova nelze bez použití násilí. Útočili na policisty a Albánce pokládané za exponenty srbské správy. Změnili naladění nemalé části albánské veřejnosti v Kosovu, zprvu věřící v úspěch gándhíovského odporu. Po několika letech, na jaře 1998, čítala UÇK stovky členů. Začala vystupovat z podzemí. Ve vzduchu visel všeobecný přímý střet se srbskými silami.