Fragner studoval po první světové válce nejdříve na pražské technice. Nebyl však spokojen s tamními konzervativními poměry – většina pedagogů byla ještě reprezentanty historismu, secese a neoklasicismu. Společně s kolegy Evženem Linhartem, Vítem Obrtelem a Karlem Honzíkem proto experimentoval s novými formami – snažil se zdynamizovat kubismus a po seznámení se s avantgardními vizemi Le Corbusiera a Bauhausu přešel rychle ke konstruktivismu.
Podmanivé studie kreslilo kvarteto spolužáků i na zadní strany deskriptivních výkresů a vystavovalo na neoficiálních studentských akcích. Po sporech s profesorem Antonínem Balšánkem nakonec Fragner techniku opustil a studia dokončil až v Gočárově speciálce na AVU, kdeměli studenti mnohem příznivější podmínky. Spolu s výše zmíněnými kolegy vytvořili takzvanou Puristickou čtyřku a vstoupili do avantgardního Devětsilu teoretika a výtvarníka Karla Teigeho.
„V“ jako Wright
První významná Fragnerova realizace – dětská nemocnice v Mukačevu na Podkarpatské Rusi – byla v polovině dvacátých let skvělou ukázkou konstruktivistické architektury. Železobetonová skeletová konstrukce, ploché střechy, pásová okna ve výklopných ocelových rámech a řada „nautických“ prvků – to byly atributy avantgardní tvorby.
Také v následujícím období takzvaného bílého funkcionalismu vytvořil Fragner několik stěžejních děl. K monumentům moderní evropské architektury patří jeho elektrárna ESSO v Kolíně nad Labem, jejíž progresívní prvky (ocelová nýtovaná konstrukce turbínové haly nebo tehdy nejvyšší tovární komín v Evropě), zachytili na svých snímcích špičkoví fotografové té doby – kupříkladu Eugen Wiškovský nebo Jaromír Funke. Pro elektrárnu navrhl Fragner také několik měníren (ty jsou dnes bohužel zničeny přestavbami), pro ředitele ing. Budila pak rezidenční kolínskou vilu i působivý letní domek v Kostelci nad Černými lesy.
Dalším moderním průmyslovým objektem byla továrna na léčiva v Dolních Měcholupech. Skvělou dynamickou stavbou je i kolínská prodejna firmy Tatra. Moderní rodinný dům pak vznikl na Barrandově, kdeměl Fragner původně pro podnikatele Václava Havla navrhnout celou sérii staveb podél Barrandovské ulice. Na několika víkendových domcích v rekreačním satelitu Nespeky si zase mohl vyzkoušet různé stylové variace od funkcionalismu až po romantičtější formy, typické pro architekturu pozdních třicátých let.
Fragner zde těžil i ze své cesty do USA, kde byl zaujat tvorbou Franka Lloyda Wrighta, jak je patrné na Orlického vile, ale i na dnes už zbořené administrativě přístavu v Praze-Libni či poslední etapě kolínské elektrárny, kde se vždy objevuje typický wrightovský motiv sloupků ve tvaru písmene V, které podpírají korunní římsu.
Významnou realizací v centru Prahy se stal palác Merkur se známou kavárnou Vltava v Revoluční ulici. Tato výrazná budova s kamenným pláštěm a dokonalými detaily reprezentuje Fragnerův přechod k modernímu klasicismu (ostudné je, že dosud nefiguruje na seznamu památek). Drobnou, ale velmi kultivovanou prací je i úprava parteru domu v Terronské ulici 62. Řada dalších projektů z této doby zůstala bohužel jen na papíře.
Karolinum
V roce 1938 vyhrál Jaroslav Fragner spolu se sochařem Vincentem Makovským soutěž na pomník TGM v areálu Pražského hradu, jejich velkorysý návrh však nebyl realizován. Hned po válce čerstvý profesor AVU a nástupce Josefa Gočára (a také předseda spolku Mánes) zvítězil v další důležité soutěži na budovu parlamentu na Letné (spoluautorem byl opět Makovský). Ani v tomto případě na realizaci nedošlo a na exponované parcele později vyrostl Stalinův pomník.
V roce 1946 však Fragner získal další významnou zakázku, jíž se naštěstí podařilo v následujících dvaceti letech dovést do vítězného konce. Šlo o rekonstrukci historicky cenného areálu Karolina na StarémMěstě. Z komplexu mnoha budov vyniká novostavba vstupního objektu s cihlovou „holandskou“ fasádou a řadou působivých detailů vně i uvnitř, včetně slavnostní auly se zvlněným stropem. Fragnerovy nadčasové úpravy Karolina jsou pravděpodobně nejvýznamnější a nejzdařilejší rekonstrukcí v centru Prahy v druhé polovině minulého století.
Na výsledku mají zásluhu i jeho žáci, podobně jako na úpravách Pražského hradu, jež Fragner vedl v éře prezidenta Antonína Novotného. Šlo o novou dlažbu II. nádvoří a radikální přestavbu středního křídla Nového královského paláce, kde se staly nejvýraznějšími prostory takzvaná Široká chodba a Fragnerova síň s „bruselskými“ lampami. Všechny tyto adaptace jsou dodnes zachovány.
Je skvělé, že u obou klíčových rekonstrukcí se Fragner zcela vyhnul pokleslým, ale režimem vnucovaným formám socialistického realismu (neboli sorely). V tomto směru byl už méně úspěšný v dalších zakázkách té doby, jimiž byl kulturní dům v Ostravě, replika Betlémské kaple v centru Prahy a planetárium ve Stromovce. Nicméně i tyto stavby mají své kvality.
Na závěr se sluší ještě připomenout Fragnerovu skvělou práci pedagogickou. Podle vzpomínek jeho žáků i asistentů vedl studenty a spolupracovníky nejen k péči o sebemenší detail, ale i k dnes často opomíjenému respektu vůči dané lokalitě.