Konspirační teorie, které se po atentátu vyrojily, posiluje i fakt, že sám Ruby zemřel v lednu 1967 krátce před obnovením svého procesu.
Kennedyho vrah, tehdy čtyřiadvacetiletý Lee Harvey Oswald, byl zatčen pár hodin po atentátu. Dva dny nato ho při převozu do jiné věznice Ruby zastřelil. Údajně ze soucitu k vdově po prezidentovi a z touhy pomstít se jeho vrahovi.
Případem se zabývala zvláštní vyšetřovací komise, kterou v prosinci 1963 ustavil Kennedyho nástupce Lyndon Johnson. Tato takzvaná Warrenova komise po desetiměsíčním šetření dospěla v září 1963 k závěru, že strůjcem a pachatelem atentátu na Kennedyho byl Oswald sám bez jakéhokoliv spolupachatele.
Teorie o spiknutí
Již dříve vydala Warrenova komise zprávu, že stejně jako Oswald jednal sám a z vlastních pohnutek i jeho vrah Ruby. Zpráva Warrenovy komise narazila hned po svém zveřejnění na kritiku a nedůvěru, které přetrvávají dodnes.
Například v polovině 70. let byla ustavena další komise Sněmovny reprezentantů, která v roce 1979 připustila verzi více střelců, čímž podpořila teorie o spiknutí. Nakonec se ale možnost druhého střelce nepotvrdila a v roce 1988 bylo vyšetřování uzavřeno se stejným závěrem jako v roce 1964.
