I proto musel 21. prosince 1939 odejít za hranice. Ve Velké Británii absolvoval školu pro důstojníky pěchoty a 26. srpna 1942 byl přemístěn ke zvláštní skupině D II. odboru MNO. Poté se přes Alžír přepravil do Itálie. V noci z 12. na 13. dubna 1944 byli spolu s Antonínem Bartošem a Čestmírem Šikolou jako skupina CLAY vysazeni v údolí Trnovce u Hostišové. S pomocí místních skupina postupně vytvořila zpravodajskou organizaci pokrývající území od Ostravy po Břeclav. Parašutisté odeslali 800 radiových depeší a přijali 350 pokynů. Na konci války se stali nejúspěšnějším západním výsadkem v protektorátu.
Jiří Štokman zůstal po válce v armádě. Již od podzimu 1945 vyučoval ve Vojenské akademii v Hranicích. Jako západní výsadkář ale nebyl pro poúnorovou armádu přijatelný. Dne 17. dubna 1948 dostal formálně dovolenou a o týden později odešel tajně znovu za hranice. V Paříži se sešel s bývalým velitelem mjr. Antonínem Bartošem. Společně se zapojili na území Německa do zpravodajské činnosti proti komunistickému režimu. Jiří Štokman jako „Mike Denning“ znovu vyučoval. Tentokrát ve zpravodajské škole OKTA II. v alpském městě Sonthofenu a jako člen štábu zpravodajské skupiny svého velitele z válečného Londýna, generála Františka Moravce, v Bensheimu.
Roku 1952 se v Londýně oženil s Češkou Milenou Hlavatou, o rok později se jim narodil syn Michal. V době útlumu zpravodajské činnosti v Německu se Štokmanovi přestěhovali počátkem roku 1954 do USA. Jiří Štokman opět učil, tentokrát jazyky na Vojenské jazykové akademii v Kalifornii. Na škole zůstal dvacet pět let. Do vlasti se nikdy nevrátil. Zemřel po vážné nemoci v nemocnici v Carmelu poblíž Monterey 17. června 1981 ve věku 61 let. V roce 1990 byl rehabilitován a povýšen do hodnosti podplukovníka in memoriam. Dostalo se mu řady poct i v rodném kraji. Od 30. dubna 2009 je na rodném domě v Buchlovicích umístěna pamětní deska s citátem Ferdinanda Peroutky: „Národu, který si neváží svých hrdinů, se může stát, že nebude žádné mít, až je bude skutečně potřebovat.“