Bushův nástupce, demokrat Barack Obama se rozhodl mu úřad ministra obrany ponechat s tím, že „zajistí kontinuitu obranné politiky a ukončí konflikt v Iráku“. Začátkem letošního roku Pentagon oznámil, že ministr zůstane ve funkci alespoň ještě jeden rok.
Gates dostal od prezidenta za úkol ukončit bojové operace v Iráku do letošního 31. srpna a dočasně navýšit kontingent v Afghánistánu o 30 tisíc vojáků. Oba tyto úkoly plní. Američané se právě stahují z Iráku a od 1. září tam bude jen 50 tisíc týlových vojáků. Posily do Afghánistánu už dorazily. Začátek stahování z Afghánistánu je plánován na příští červenec.