Do čela vlastní církevní organizace si jako seniora zvolila Husova žáka Mikuláše z Pelhřimova, čímž ukončila i svobodu laických výkladů Bible. V polovině října 1420 už Tábor vybíral od sedláků ze vsí, které ovládl, poddanské dávky. Ani zaslíbená komunita nedokázala žít bez výběru daní. Počátkem následujícího roku vyústilo vnitřní pnutí v rozkol.
Nespokojenci, odmítající vzít na vědomí realitu, z Tábora nedobrovolně odešli. Nebylo jich mnoho, asi čtyři stovky z celkového počtu 3000 obyvatel. Disidenti se usídlili nedaleko, pod hradem Příběnice, na břehu Lužnice. Ale i tady mezi nimi propukaly rozepře a jejich názory na některé věroučné a náboženské problémy byly natolik výstřední, že i z pohledu táboritů překročili hranice kacířství. Postupně se pod táborským tlakem rozešli na různá místa, několik desítek z nich přikázal Žižka v dubnu 1421 upálit jako heretiky. Stalo se tak v Klokotech, přímo proti táborským hradbám, aby každý viděl, kam vede hereze.
