Stephan Beckenbauer hrál od mládí za Bayern, v jehož barvách zářil jeho slavný otec. Do hlavního týmu se však nedostal a odešel do konkurenčního klubu Mnichov 1860. Bundesligu si nakonec zahrál ve 12 zápasech za Saarbrücken.
Hráčskou kariéru musel Stephan Beckenbauer ukončit už ve 29 letech kvůli vážnému zranění kolena.
Od roku 1999 trénoval různé mládežnické výběry Bayernu, jeho rukama prošli například současní mistři světa Bastian Schweinsteiger, Mats Hummels a Thomas Müller.
