Jan Janků starší trenérsky působil zejména v Jablonci a v pražské Dukle. K jeho elitním svěřencům patřil i starší syn Jan a rovněž Jaroslav Bába, bronzový medailista z olympijských her, majitel stříbra a bronzu z mistrovství Evropy a český rekordman. V 70. letech připravoval rovněž halovou mistryni Evropy Miladu Karbanovou.
„Dnes odešel po dlouhých zdravotních problémech do atletického nebe Jan Janků, táta a trenér. Prožili jsme spolu atletickou jízdu se vším všudy a jízda to byla sakra dlouhá. Tak tam, kouči, všechny pozdravuj a ne že se jen budeš válet po nebeské duchně,“ napsal Tomáš Janků.