Následně prošel trenérskými angažmá v Chebu, Jablonci, Žižkově, Příbrami, Olomouci, ve Spartě, v Brně a u reprezentace do 21 let. V červnu 2011 se pak do Českých Budějovic vrátil, ale po třech měsících se z pozice trenéra posunul do funkce generálního manažera. Nyní jeho povinnosti převezme první muž klubu Poborský.
Jedenačtyřicetiletý rekordman v počtu reprezentačních startů, který má za sebou angažmá v Manchesteru United, Laziu Řím, Benfice Lisabon, Slavii či Spartě, si rozdělí kompetence s Martinem Vozábalem. Ten byl jmenován sportovním manažerem. Vozábal dosud oficiálně vykonával funkce kondičního trenéra a vedoucího mužstva, které je tři kola před koncem na posledním místě tabulky.
