Šešelj se v Haagu zodpovídá z válečných zločinů a zločinů proti lidskosti, spáchaných za balkánských válek v 90. letech; všechna obvinění ale odmítá.
Dvaapadesátiletý bývalý politolog ze Sarajeva je jedním z nejvýznamnějších politiků, které má nizozemský soudní tribunál pro bývalou Jugoslávii ve vazbě. Soud s ním je dalším pokusem OSN pohnat před soud ty, kdo jsou považováni za nejvíce odpovědné za brutální válku, která v devadesátých letech minulého století roztrhala Jugoslávii.
Šešelj je obviněn z odpovědnosti za vraždy, perzekuce a vyhlazování obyvatelstva, z nelidského zacházení a nucených přesunů, kterých se dopouštěly pod jeho velením polovojenské formace na nesrbském obyvatelstvu Chorvatska, Bosny a Hercegoviny a severosrbské Vojvodiny. Všeobecně je považován za jednoho z iniciátorů národnostní nesnášenlivosti a etnických čistek v prostoru bývalé Jugoslávie.
Jako s Miloševičem
Jeho proces se v mnohém podobá procesu s dnes již zesnulým jugoslávským a srbským prezidentem Slobodanem Miloševičem, který se verdiktu nedočkal. Ani Šešelj neuznává autoritu soudu a vymohl si právo hájit se sám. Odmítá přiděleného obhájce a k členům poroty se chová urážlivě.
Dne 10. listopadu zahájil hladovku, kterou si chce vymoci splnění svých požadavků, například odvolání přiděleného advokáta a předložení všech dokumentů v písemné podobě, protože odmítá pracovat s počítačem.
Zahájení procesu bylo již několikrát z technických důvodů kvůli urážlivému chování obžalovaného odloženo. V Srbsku ale Šešelje mnozí stále považují za národního hrdinu a jeho stoupenci žádají jeho osvobození. I z vězeňské cely řídí nejsilnější parlamentní formaci - Srbskou radikální stranu, kterou povede v lednových volbách z prvního místa. Šešelj byl blízkým spolupracovníkem Slobodana Miloševiče. Hrozí mu maximální trest doživotního vězení.
