29. prosince 1991 vyhrál Karimov první nezávislé uzbecké prezidentské volby se ziskem 86 % hlasů. Volby jsou však považovány za nespravedlivé, jelikož byl zfalšován počet hlasů.
Bývalý britský velvyslanec Craig Murray, působící zde v Uzbekistánu v letech 2002-2004, se za vlády zesnulého prezidenta zmiňoval o vysoké korupci a nedodržování lidských práv.
Kvůli chování vůči svým oponentům a porušování lidských práv, mučení, cenzuře a falšování voleb byl Islam Karimov považován za jednoho z nejhorších světových diktátorů své doby.[