Jako klášter klarisek a minoritů byl komplex budov založen Anežkou Přemyslovnou, nejmladší dcerou krále Přemysla Otakara I. Pravděpodobně se tak stalo roku 1231, kdy Anežčin bratr Václav I. věnoval své sestře pozemky na pravém vltavském břehu.
Nejstarší částí stavebního souboru se stal raně gotický kostel sv. Františka a východní křídlo konventu. Následovala stavba mužské partie kláštera, kaple Panny Marie a ambit klarisek. Roku 1253 byl v kostele sv. Františka pohřben král Václav I. Další úpravy pokračovaly v době vlády Přemysla Otakara II., kdy byl pozván neznámý francouzský architekt, jenž uplatňoval při výzdobě dalšího kostela, sv. Salvátora, a kaple Panny Marie nové architektonické principy, ovlivněné stavbou Sainte Chapelle v Paříži. Zde pak byly soustředěny nejvýznamnější relikvie českého království. Zlatá éra Anežského kláštera však skončila s vymřením Přemyslovců po meči. Další úpravy pak proběhly v éře Karla IV., který si odkazu prvního panovnického rodu velmi vážil.
Během husitských válek klášter kupodivu neutrpěl větší škody, ale později byla jeho mužská část zrušena a přestavěna na obytné domy. Josef II. nakonec v roce 1782 zrušil klášter jako celek.
Druhá polovina 19. století se nesla ve znamení snah o opravu a doplnění významných památek naší historie. Začala dostavba katedrály sv. Víta na Pražském hradě a vznikla i Jednota pro obnovu kláštera blahoslavené Anežky. Plány na rekonstrukci zpustlého areálu se zabývali významní architekti té doby. Například Josef Mocker (autor dostavby svatovítské katedrály, rekonstrukce Karlštejna a desítek dalších středověkých památek) nebo Jan Koula, respektovaný profesor pražské techniky, který stál u vzniku Národopisné výstavy v areálu bubenečského výstaviště v roce 1895.
Rekonstrukční práce však bohužel netrvaly dlouho. V průběhu první poloviny 20. století ale proběhl alespoň archeologický výzkum i stavebně-technický průzkum areálu pod vedením známého architekta a historika umění Oldřicha Stefana. Záchrany se ale středověká památka dočkala až v roce 1963 po převedení pod Národní galerii. V následujících letech proběhla soutěž na architektonické řešení, kterou vyhráli Josef Hlavatý (1923– 2012) a Karel Kunca (* 1927) ze Státního ústavu pro rekonstrukci památkových měst a objektů (SÚRPMO). Oba architekti postupně rekonstruovali jednotlivé budovy, ambit, refektáře, dormitář, kapitulní síň a také nádvoří.
Nejvýznamnějším zásahem se stalo nové zastřešení kostela sv. Františka, jehož klenba se zřítila již v sedmnáctém století. Nová střecha nenapodobuje tu původní, ale záměrně přiznává svým tvarem i materiálovým řešením, že jde o soudobé dílo. V návrzích obou projektantů je patrný vliv tvorby slavného italského architekta Carla Scarpy, pro jehož tvorbu je typická snaha propojovat historické vrstvy se soudobým designem. Vždy se tak ale děje s pokorou k původní architektuře.
  |
Josef Hlavatý byl žákem Jana Sokola a spolupracoval i s dalším profesorem pražské Uměleckoprůmyslové školy Ottem Rothmayerem, což je na jeho tvorbě patrné, jak dokládají i úpravy Nového purkrabství Pražského hradu (spolupráce rovněž Karel Kunca), ale také anežský areál, který je od roku 1978 zařazen do seznamu národních kulturních památek.
Nyní hostí nejen stálou expozici českého středověkého umění, ale i další výstavy, aktuálně například díla Gerharda Richtera. Především se však po mnoha letech veřejnosti konečně otevírají také nádvoří a přilehlá prostranství, která jsou ideálním místem pro výstavu moderních plastik. Zatím se tu objevila díla starší generace českých sochařů Stanislava Kolíbala, Aleše Veselého, Karla Malicha nebo těch, kteří reprezentují generaci střední, jako jsou Michal Gabriel, František Skála, Stefan Milkov a Pavel Opočenský.
Nechybí ani komorní scéna a návštěvníci si mohou prohlédnout nejen výše zmíněné úpravy dvojice Hlavatý–Kunca, ovlivněné tvorbou Carla Scarpy, ale i Otta Rothmayera nebo jeho učitele Jožeho Plečnika. Procházka těmito prostranstvími je navíc doplněna i řadou designově kvalitních tabulek, které upozorňují na zajímavé partie areálu, a obnoven byl i přístup zrušenou Malou klášterní uličkou od ulice Klášterské.
