Matka byla v roce 1944 zatčena a konce války se dožila v terezínské Malé pevnosti. Otec strávil jako spoluzakladatel a zástupce velitele Obrany národa na Rožmitálsku poslední rok války v ilegalitě. V prosinci 1948 ho Lidový soud v Písku nespravedlivě odsoudil k jednomu roku nucených prací.
Dcera se s tím nesmířila, snažila se o jeho případu informovat a opis jeho rozsudku odeslat prostřednictvím spojky do zahraničí. Stejné cesty využila i po otcově propuštění, aby odeslala do ciziny informace o poměrech v uranových lágrech na Jáchymovsku a pracovních podmínkách v lágrech na Příbramsku.
Státní bezpečnost zatkla M. Havlůjovou v květnu 1953, necelý půlrok poté, co opětovně zatkla jejího otce. Zatčení předcházel už v lednu 1953 několikahodinový výslech. Při něm jí příslušníci StB odebrali čtrnáctiměsíčního syna, a ačkoliv ve vedlejší místnosti plakal a volal ji, nesměla ho utěšit, nakrmit ani přebalit.
Při jednom z dalších výslechů, již po zatčení, se ji snažili přinutit ke spolupráci s StB. Z okna v Bartolomějské se musela půl hodiny dívat na ulici na kočárek s přibližně stejně starým dítětem, jako bylo její. Stačilo podepsat, a mohla jít domů. Proč to neudělala? „Zvedla se ve mně jakási hradba. Začala jsem se modlit. A Bůh stál tehdy při mně, a já jsem nepodepsala!“ vzpomínala po roce 1989.
V listopadu 1953 ji Krajský soud v Praze odsoudil za pokus pobuřování proti republice a vyzvědačství k pěti letům těžkého žaláře, peněžitému trestu pěti tisíc korun, konfiskaci majetku a ke ztrátě čestných občanských práv na pět let. Pro špatný zdravotní stav byla M. Havlůjová zařazena do útvaru nápravných zařízení ve Svatém Janu pod Skalou. Setkala se tam například s manželkou šéfa klatovského gestapa, který vyšetřoval a fackoval její matku. Od nemocných vězeňkyň se tam nakazila tuberkulózou. Propuštěna byla 1. března 1955. Svého syna Tomáše spatřila téměř po dvou letech.