Pernes také přislíbil, že nechá vyhledat a zveřejnit informace k spisu komunistické Státní bezpečnosti, která si ho vedla jako kandidáta tajné spolupráce, což mu doporučil dosavadní ředitel ústavu Pavel Žáček. Podle něj byl sice samotný spis zničen, lze ale k němu nalézt nějaké informace, například v hlášení nadřízeným. "Radím panu docentovi, aby to nalezl sám a vydal to v plen," uvedl Žáček s tím, že jinak se Pernes zpochybňování své bezúhonnosti neubrání.
"Nebráním se tomu ani v nejmenším, já mám svědomí čisté," reagoval Pernes.
Pernes: Spolupráci jsem odmítl
V minulosti mu prý ale v souvislosti se zničeným spisem "bylo řečeno, že další informace v tomto směru nejsou". Podotkl, že jako kandidáta tajné spolupráce si StB vedla i Václava Havla.
Pernes také prohlásil, že nabídku StB na tajnou spolupráci jednoznačně odmítl. "Měl jsem limit, že nikdy nevstoupím do komunistické strany a že nebudu udávat lidi," řekl. Ke studiu na Večerní univerzitě marxismu-leninismu (VUML) uvedl, že tím nikomu neubližoval. "Jenom sám sobě, že jsem tam musel poslouchat ty blbosti, kterým jsme od osmašedesátého roku nevěřil," dodal. Poznamenal, že Žáček byl zase členem Socialistického svazu mládeže.
Je Ústav zpolitizovanou institucí?
Ředitel Ústavu pro soudobé dějiny Oldřich Tůma označil hysterii kolem nového ředitele za důkaz, že Ústav pro studium totalitních režimů je naprostou anomálií a zpolitizovanou institucí. Žáček to označil za iracionální, kritika podle něj souvisí s možnými existenčními problémy Tůmova ústavu. Pernes obě kritiky odmítl. I když měl dříve také námitky proti vzniku ústavu pro totality, na rozdíl od kolegů z Tůmova ústavu názor změnil. Chce se zasadit o to, aby byl jeho ústav vnímán jako standardní historické pracoviště.
Žáček podotkl, že činnost ústavu pro totality není jen vědeckovýzkumná, musí plnit také správní úkoly. V Pernesově projektu podle něj chybělo, jak zajistit fugování a plnění úkolů ústavu při snižujícím se rozpočtu a jeho sestěhování do jedné budovy s Archivem bezpečnostních složek.
Pernes pokládá za podstatné, aby ředitel ústavu vyšel s finančními prostředky, které bude mít k dispozici. Ústav má podle něj zbytnělou administrativní složku, jeho ředitel například nemusí mít dva náměstky.
Pernes nevyloučil, že se Žáčkem jako schopným odborníkem by mohl v ústavu nadále spolupracovat, pokud by měl záruku, že to bude spolupráce loajální a ku prospěchu ústavu.
