Krajský úřad, odbor kultury památkové péče, by tak měl podle ministerstva doplnit dokazování, odstranit vytýkané vady řízení a vydat nové rozhodnutí.
"Správní orgán I. stupně nezjistil stav věci, tak jak předepisuje správní řád, nevypořádal se s návrhy a námitkami účastníka řízení, neodůvodnil výši uložené pokuty," zdůvodnilo ministerstvo své rozhodnutí.
Správní řízení s vlastníkem památky, tedy s Prahou, a se zhotoviteli obnovy, společností Mott MacDonald, vedl Plzeňský kraj od 21. ledna z rozhodnutí ministerstva kultury. Ministerstvo jako nadřízený orgán památkové péče tak rozhodlo kvůli nečinnosti pražského magistrátu, a také proto, aby vyloučilo střet zájmu. Řízení se společností Mott MacDonald kraj nakonec zastavil, Praze ale vyměřil z maximální možné čtyřmilionové pokuty sankci 3,25 milionu korun za znehodnocení památkové hodnoty mostu. Výše pokuty podle kraje odpovídá významu této památky.
Za nejzávažnější pochybení označil kraj provádění prací bez respektu k tradičním kamenickým technikám, poškozování bloků a nadměrnou výměnu původních kamenů za nové, použití nevhodné malty či špatně provedené spárování. Vadilo mu také použití moderních materiálů neodpovídajících národní kulturní památce, jako je například trvale plastický tmel v dilatačních spárách.
Praha ale závažná pochybení odmítla a proti rozhodnutí regionu se 14. dubna odvolala. "Dle našeho názoru je rozhodnutí natolik věcně nesprávné, špatné, nepřezkoumatelné, neurčité, že ministerstvu kultury nezbude nic jiného, než toto rozhodnutí zrušit," uvedl v dubnu právník zastupující hlavní město Vladimír Kykal. Pokud by město neuspělo ani u ministerstva, muselo by podle Kykala podat správní žalobu.
Oprava Karlova mostu trvá přes dva roky, práce kritizovala památková inspekce MK. Podle ní bylo nahrazeno více kamenných bloků, než doporučil průzkum. Inspektorům se nelíbil ani způsob, jakým byly opracovávány kameny v zábradlí mostu. Pochybení při opravě Karlova mostu konstatoval i Národní památkový ústav.
Kvůli opravě také podala Asociace sdružení pro ochranu a rozvoj kulturního dědictví už tři trestní oznámení. Vadilo jí například, že před zahájením oprav nebyl údajně zpracován stavebně-historický průzkum a že nebyli informováni archeologové. Policie v březnu obvinila šéfa pražských památkářů Jana Kněžínka. Obvinění ale státní zastupitelství na konci března zrušilo.
