Bezbolestný výběr ale nebyl pro ministerské předsedy automaticky zárukou prezidentovy přízně. Například Jiřímu Paroubkovi odmítal Klaus jmenovat do vlády Davida Ratha. Ten musel nejdřív opustit místo šéfa České lékařské komory. Hlavu státu ale stačil označit za vrtošivého staříka.
Za Mirka Topolánka pak Klaus bránil příchodu Karla Schwarzenberga na ministerstvo zahraničí. Už tehdy si nebyl totiž jistý jeho „češstvím“. Argument dlouhé emigrace Klaus proti Schwarzenbergovi použil i letos během volby prezidenta.
Do konfliktu s prezidentem se dostal překvapivě i jinak smířlivý Petr Nečas. Na jaře 2011, když v kabinetu vrcholily problémy mezi premiérem a stranou Věci veřejné, odmítl Klaus přijmout návrhy předsedy vlády na odvolání tehdejších členů kabinetu a VV Radka Johna a Josefa Dobeše, stejně jako rezignaci Víta Bárty.
Nečas vyčítal prezidentovi překračování ústavy, Klaus kontroval polovičatým řešením. V předchozích krizích se snažil prezident trojlístek ODS, TOP 09 a VV tmelit. Do dalších půtek se už pak moc nevměšoval. I přes svůj odpor třeba jmenoval Karolínu Peake (LIDEM) ministryní obrany.
Z premiérů byl vůči Václavu Klausovi nejradikálnější zřejmě Jiří Paroubek. Tehdejší šéf ČSSD kritizoval v roce 2005 hlavu státu za odlišný styl zahraniční politiky. „Pokud prezident nebude vystupovat v rámci těchto směrnic, na některé zahraniční cesty prostě nebude moci jezdit,“ zahrozil ku Hradu Paroubek.