Pražský městský soud věc prezidentovi na základě žalob Fajta, Ošťádala a Univerzity Karlovy koncem dubna vrátil k dalšímu řízení. Upozornil na to, že žádný orgán výkonné moci nemůže po řádném řízení o jmenování profesorem sám znovu posuzovat, zda kandidát splňuje podmínky pro jmenování. Nepřípustně by tím totiž zasáhl do autonomie vysokých škol.
„Netýká se to primárně pouze jmenovacího procesu profesorů, ale vůbec právní povahy úřadu prezidenta republiky. To znamená - není to žádná osobní otázka, ale primárně otázka právní,“ zdůvodnil chystané podání kasační stížnosti Nespala. Na vznesení stížnosti má Hrad dva týdny, které plynou ode dne doručení rozsudku.
Podle soudu může prezident rozhodnout o nejmenování navrženého kandidáta profesorem jen tehdy, jestliže dospěje k závěru, že uchazeč neprošel řádným procesem ke jmenování nebo že tento proces vykazoval vady, kvůli nimž mohl být nezákonný. Takové rozhodnutí by však musel odůvodnit, což Zeman neudělal.
Prezident v kauze argumentoval mimo jiné tím, že za výkon jeho pravomocí ho žádný jiný státní orgán nemůže volat k odpovědnosti. Senát soudkyně Viery Horčicové však tento výklad ústavy vyvrátil. Zdůraznil, že prezident je při výkonu pravomocí vždy vázán ústavními i ostatními zákony a jeho postup lze přezkoumat právě z hlediska zákonnosti.
Fajtův a Ošťádalův jmenovací dekret Zeman nepodepsal na jaře 2015 ještě společně s dekretem politologa Jana Eichlera. Zdůvodnil to vážnými prohřešky akademiků z minulosti. V případě Fajta poukázal na jeho údajnou žádost, aby mu banka prostřednictvím sponzorského daru poskytla doplatek k platu ředitele Národní galerie. U Ošťádala kritizoval kontakty s komunistickou Státní bezpečností. Své rozhodnutí Zeman oznámil v lednu 2016 dopisem tehdejší ministryni školství.
