‚Brněnská mutace‘ české varianty covidu vědce zpočátku vyděsila. Objevila se u 20letého mladíka, říká ředitel laboratoře |
A náprava už se blíží. Vznikne systém laboratoří, které dohromady mají zvládat rozklíčovat až 1500 podezřelých vzorků od nakažených jedinců týdně. Zatím je číslo asi na třetině.
Plán vychází z materiálu s nelibozvučným názvem Národní strategie molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2, jehož návrh mají Lidovky.cz k dispozici. Přeloženo do běžné češtiny: rodí se soustava laboratoří, které budou držet bedlivý dozor na protiepidemických chodbách. V prvním sledu udělají plošný zátah na pozitivní nálezy, jejichž vzorce vykazují odchylku. Ve druhém kroku si je celé důkladně přečtou specializovaná pracoviště, aby vzorek přiřadila do správné „rodiny“: české, britské, jihoafrické či těch nových, které se ještě nevyhnutelně objeví.
  |
Koronavirus mutuje neustále, je to jeho přirozenost. Snaží se tak adaptovat na prostředí, přežít, odolat lékům i očkování. Většina jeho pokusů skončí nezdarem. „Takové jsou v průběhu evoluce eliminovány a nahrazeny variantami viru s mutacemi, jež jsou pro virus výhodnější,“ vysvětluje ministerský materiál. A právě po těch výhodnějších mutacích laboratorní pátrací skupina půjde. Protože co je výhodné pro covid, nepasuje člověku.
Britská mutace vytlačila ‚českou‘ variantu. Ještě na podzim se přitom zdála neporazitelná |
Nejde o akademické cvičení, včasné odhalení nové mutace je zásadní proměnnou v tom, aby Česko nebylo zaskočené, až se na něj povalí další vlna. Díky plošné sekvenaci o mutaci bude vědět předem, respektive o jejím riziku, a může zbudovat cílené obranné valy. Bude sledovat, jestli nová varianta zvládá rychlejší šíření, jaký je průběh nemoci, zda mutaci rozpozná test nebo jestli bortí imunitu, ať už přirozenou, či tu z vakcíny. Vzorky ale zároveň musejí pocházet ze všech koutů republiky.
Do plošného screeningu se má zapojit co nejvíc terénních laboratoří, které v Česku testují na koronavirus, minimálně na britskou a jihoafrickou mutaci by nyní měly zkoušet všechny pozitivní vzorky, co mají. Informace potečou do centrální evidence, kde je mimo jiné vidí krajské hygienické stanice.
„Informaci využijí k přednostnímu trasování kontaktů nakaženého. Cílem je zamezit šíření zejména nebezpečných variant viru. O tom, jaké mutace je nutné aktuálně sledovat, budou laboratoře pravidelně informovány,“ popisuje ministerstvo v dokumentu.
Virolog Hirsch: Britská mutace se účinněji chytá buňky, a proto je infekčnější. Má jakoby šikovnější prstíky |
Vzorky musejí mít reprezentativní hodnotu. Tedy pocházet ze všech koutů České republiky, od různě starých lidí s různými anamnézami a různým zdrojem nákazy (doma nebo v cizině), zohlední se také, jestli měl nakažený nezvykle těžký průběh, nezabrala mu vakcína nebo chytil covid poté, co ho již prodělal.
Trestní rejstřík covidu
Sledovat se mají i varianty, u nichž se vyskytl přenos na zvířata. Kmeny s unikátními biologickými vlastnostmi poputují do Národní referenční laboratoře Státního zdravotního ústavu, aby viru určila přesný rodokmen. A všechen informační tok se propojí s mezinárodními databázemi, aby past nad novými kmeny zapadla s větší silou. Vznikne takový trestní rejstřík covidu.
Asi dvacítka laboratoří tu nabude povinnosti, aby každý týden poslala stovku vzorků k sekvenaci, musí je skladovat déle, v hlubokém mrazu.
Alespoň tři dny bude muset uchovat vzorky každá testující laboratoř. To pro případy, pokud se v nějakém regionu objeví podezření na zřídlo mutace. Napře se tam pak úsilí testovací, sekvenovací i trasovací. Tak by se mělo dařit hasit lokální požáry nových vln dříve, než zachvátí okolí neřízeným promořováním.
Mít virus pod kontrolou
„V případě, že bude detekována varianta viru s nežádoucími vlastnostmi, je nutné neprodleně zahájit intenzivní sběr vzorků z dané lokality k ověření této skutečnosti. Následně se soustředit na nastavení vhodných protiepidemických opatření, hlavně účinného trasování a testování kontaktů, abychom získali nad šířením varianty kontrolu,“ specifikuje dokument.
Pro konec izolace u jihoafrické mutace bude nutný PCR test. Provést půjde až po dvou týdnech |
Kobercový nálet na mutace bude stát nemálo peněz, stát musí zapojeným laboratořím vynahradit náklady. Draft materiálu se o nich zmiňuje, ale zatím je nevyčísluje. Přečtení jednoho genomu stojí několik tisíc korun, při plošném zátahu se to rychle nasčítá. Infrastruktura lidská a přístrojová nicméně připravená je. V Česku už se sama rozběhla iniciativa laboratoří kolem Akademie věd, poslouží jako kvásek pro celý projekt.
Aby stát investoval do sekvenací a zvýšil jejich počet, bylo jedním z prvních požadavků, které vznesl epidemiolog Petr Smejkal a jeho poradní skupina. „Abychom porozuměli tomu, co se děje, musíme sekvenovat několik týdnů. Až při několika tisících vzorcích to začne dávat smysl. Česko v tomto ohledu jednoznačně zaspalo,“ řekl Českému rozhlasu Michal Kovář z Oddělení genomiky a bioinformatiky Akademie věd.
Podle doporučení Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí je nutné, pokud to má k něčemu být, sekvenovat jedno až pět procent pozitivních vzorků za dané období, v tomto případě týdně. Pak je možné zachytit novou variantu i určit, kolik procent populace obsadila. Pokud je nakažených mezi 25 až 50 tisíci týdně, horní hranice je případ Česka, pak má jít na rozklíčování nejméně tisíc vzorků. Dosavadní maxima nepřekonávají sedm set.
