Milutinović a pětice dalších srbských činitelů stanuli před tribunálem v červenci 2006 na základě obvinění, že spolu s bývalým jugoslávským prezidentem, již zesnulým Slobodanem Miloševičem zosnovali v roce 1999 rozsáhlou deportaci asi 800.000 Albánců z Kosova. Za vinu jim bylo kladeno také vyvraždění stovek kosovských civilistů srbskými silami.
"Soud vás shledal nevinným v bodech obžaloby jedna až pět," oznámil Milutinovičovi soudce Iain Bonomy a nařídil jeho propuštění z vazby.
Spolu s Milutinovičem stanuli před soudem také bývalý místopředseda srbské vlády Nikola Šainović, bývalý náčelník generálního štábu jugoslávské armády Dragoljub Ojdanić, generálové Nebojša Pavković a Vladimir Lazarević a někdejší šéf srbské tajné služby Sreten Lukić. Všichni obvinění odmítli a považují se za nevinné.
Milošević náhle zemřel v březnu 2006 v cele haagského vězení. Před tím jej už čtyři roky ICTY soudil kvůli válečným zločinům a genocidě. Příčinou jeho smrti byl podle lékařských zpráv srdeční infarkt. Podle tehdejšího zjištění nizozemského toxikologa Donalda Ugese, který provedl rozbor krve zesnulého, bral Milošević před smrtí lék, který neměl předepsaný a který anuloval účinek léčby na vysoký tlak.
Po zásahu mezinárodních sil vedených NATO se srbská armáda a policie z Kosova stáhly a provincie přešla pod správu OSN. Kosovští Albánci loni v únoru jednostranně vyhlásili nezávislost Kosova, kterou od té doby uznalo 55 ze 192 členských zemí OSN. Srbská vláda ale samostatnost Kosova striktně odmítá jako nezákonnou a odporující mezinárodnímu právu.