Na vyšetřování příčin neštěstí pracuje řada ruských expertů a techniků.
Podle dosavadních poznatků mohla havárii způsobit vadná turbína a prudké zvýšení tlaku v potrubí. Voda při explozi prorazila strop a stěny strojovny a zatopila části objektu, kde bylo v tu chvíli asi 300 lidí.
Čečenští povstalci v pátek na svých internetových stránkách oznámili, že havárii způsobili oni protitankovým granátem. Zdroje Kremlu ale toto tvrzení odmítly jako nesmyslné. Podle ruské prokuratury nebyly na místě nalezeny stopy po výbušninách.
Ruské ministerstvo pro mimořádné situace podle deníku Kommersant už v roce 1998 varovalo že Sajansko-šušenská elektrárna je obrovsky zanedbaná a není bezpečná. Také nezávislí experti vyzývali Kreml, aby investoval aspoň část z miliardových příjmů z vývozu ropy a zemního plynu do modernizace infrastruktury ze sovětských dob, která je technicky v katastrofálním stavu. Podle vedoucího zástupce elektrárny bude obnovení jejího provozu trvat nejméně tři roky.
