Za nacistické okupace se přiklonil k ilegální KSČ a sblížil se s přáteli z levicového sionistického hnutí Hašomer Hacair. Jeho ilegální skupina dohromady s jeho pozdější první manželkou Alenou roz. Divišovou pomohla sedmi židovským přátelům žít v ilegalitě. V srpnu 1944 byl zatčen a odsouzen německým soudem k trestu smrti, od kterého jej 5. května 1945 zachránilo Pražské povstání. ̈
Po válce pracoval jako komunistický aktivista, historik a pedagog. Po XX. sjezdu KSSS se přiklonil k reformnímu křídlu KSČ, což jej nakonec přivedlo až k spoluorganizování Vysočanského sjezdu KSČ. Tento v srpnu 1968 odsoudil sovětskou okupaci. Podílel se na přípravě Charty 77, jejímž jedním z mluvčích byl v roce 1988. Zúčastnil se legendární snídaně francouzského prezidenta Françoise Mitterranda s osmi představiteli disentu v čele s Václavem Havlem 9. prosince 1988.
Na fotce Miloš Hájek je se svojí první ženou Alenou Hájkovou.
Spoluzakládal hnutí Obroda, jež v roce 1991 pod jeho předsednictvím z valné části vplynulo do obnovené ČSSD. Miloš Hájek tak jako člověk, žijící politickými ideami, negoval rozštěpení sociální demokracie po I. světové válce.
Jako historik se zabýval nejnovějšími dějinami. Publikoval například práce o 2. republice (Od Mnichova k 15. březnu) nebo – spolu se svou druhou partnerkou Hanou Mejdrovou - o Komunistické internacionále. V roce 2012 také publikoval své vzpomínky (Paměti české levice).
Poslední rozloučení s Hájkem se bude konat v pátek 4. března v Praze na Olšanských hřbitovech.
