Trefulka se věnoval próze, publicistice i literární kritice. V 60. letech působil jako redaktor a později šéfredaktor známého literárního časopisu Host do domu. Za normalizace nemohl oficiálně publikovat. Pohyboval se v disentu, podepsal Chartu 77.
Jako kritik debutoval v roce 1949 nekonformními recenzemi v týdeníku Kulturní politika, jako prozaik vstoupil do literatury v roce 1962 dvojnovelou Pršelo jim štěstí, po níž následovala novela Třiatřicet stříbrných křepelek, povídkový soubor Výmysly a dvojice povídek s kriminalistickou zápletkou Nálezy pana Minuse.
V letech 1970 až 1989 jeho díla vycházela jen v samizdatových edicích a v exilových nakladatelstvích. Publikoval tak například společenskohistorický román Zločin pozdvižení, alegorii Veliká stavba, intimní novely O bláznech jen dobré a Svedený a opuštěný. Sám se na vzniku literárního samizdatu aktivně podílel. Za svou tvorbu získal Jan Trefulka v roce 1983 Cenu Egona Hostovského.
Moravský patriot
Do oficiálního veřejného života se vrátil po roce 1989 mimo jiné jako předseda Obce moravskoslezských spisovatelů a člen Rady České televize. Jako publicista zároveň vytrvale prosazoval moravskou samosprávu v rámci České republiky.
Do minulého týdne Trefulka stonal doma, pak si jeho stav vynutil hospitalizaci. Příčinou úmrtí bylo selhání ledvin a zápal plic, uvedla jeho manželka Božena Trefulková.
Poslední rozloučení s Janem Trefulkou se uskuteční ve čtvrtek 29. listopadu v obřadní síni krematoria v Jihlavské ulici.
